Autkom ist Kooperationspartner in dem ebenfalls im Frühsommer 2008 gegründeten Autismus Kompetenznetzwerk Oberbayern (akn) und übernimmt in diesem Netzwerk eine besondere Lotsen- und Vermittlungsfunktion. Das Netzwerk besteht aus insgesamt 24 Kooperationspartnern aus den Bereichen der Selbsthilfe, Kliniken, niedergelassenen Kinder- und Jugendlichen- und Erwachsenenpsychiater, Schulen, Behörden und diversen spezialisierten Einrichtungen für den Personenkreis der Autismus-Spektrums-Störung.