Das "weltweit komplizierteste Müllsystem" (Financial Times Deutschland) erweist sich als teuer und wenig effizient. "Die Hälfte der Verpackungen landet unvorschriftsmäßig in den grauen Restmülltonnen und entgeht der vorab bezahlten Wiederverwertung. Die andere Hälfte ist mit 'Fehlwürfen' durchsetzt und muss deshalb aufwändig nachsortiert werden. Die zurückgewonnenen Kunststoffe sind stark verschmutzt und taugen gerade mal für Plastikrohre, Parkbänke und neue Gelbe Tonnen", kritisiert Alexander S. Kekulé, Direktor des Instituts für Medizinische Mikrobiologie in Halle, in einem Beitrag für die Potsdamer Neueste Nachrichten. Umweltschützer bemängeln zudem, dass Alternativen zu den vom Dualen System (DSD) subventionierten Altplastik-Produkten – etwa Parkbänke aus Holz – verdrängt werden. "Ein erheblicher Anteil des Plastikmülls wird obendrein gar nicht 'werkstofflich', sondern nur 'rohstofflich' verwertet – etwa unter hohen Drücken und Temperaturen zu Methanol umgesetzt. Als chemischer Rohstoff ist der DSD-Müll jedoch 25 Mal teuerer als Erdöl", führt Kekulé weiter aus.
Würde Deutschland seine Selbstverpflichtung einer 25-prozentigen Reduktion der Kohlendioxid-Emissionen auf Basis der DSD-Recyclingkosten realisieren, käme man nach Berechnungen des Frankfurter Wissenschaftsjournalisten Edgar Gärtner auf Kosten von 1,25 Billionen Euro. Sogar ökologisch weist zumindest die rohstoffliche Verwertung der DSD-Kunststoffe zu Methanol erhebliche Nachteile auf: Anstelle einer Nettoeinsparung wurden in Untersuchungen erhebliche Netto-Mehremissionen ermittelt. Die zusätzlichen Emissionen aus der Verarbeitung der Altkunststoffe des Grünen Punktes haben einen größeren Umfang, als die Kohlendioxid-Emissionen, die aus der Herstellung der substituierten Mengen an Methanol und sonstigen Produkten resultieren. Da Methanol weltweit überwiegend mit klimafreundlichem Erdgas hergestellt wird, ergibt sich für den Einsatz von Altplastik noch weniger Sinn. Ohne die rohstofflichen Verfahren würde sich der Grüne Punkt beim Recycling aber wieder ein Kapazitätsproblem einhandeln, wie zu Beginn seiner Tätigkeit. Denn rund 45 Prozent der Plastikverpackungen, in erster Linie schwer verwertbare Mischkunststoffe, werden in Hochöfen verbrannt oder zu Methanol verarbeitet. Der Mikrobiologe Kekulé plädiert deshalb für ein Drei-Tonnen-System. Rest- und Verpackungsmüll zusammen erfassen, Biomüll und Papier separat. Der Grüne Punkt sollte also gründlich recycelt werden.