US-Krebsforschungsinstitut stärkt Supercomputing für Biomedizin mit einem SGI-System ´Altix 3000

(openPR) Linux-Hochleistungsrechner mit 64 Prozessoren soll sich gezielt auf biologische Prozesse und Modelle der Wirkstoffentwicklung stürzenMünchen, 30. Okt 2003 – Das US-amerikanische ´National Cancer Institute´ (NCI) hat seine High-Performance-Computing-(HPC)-Kapazität drastisch ausgebaut. An seinem Zentrum für fortgeschrittenes biomedizinisches Hochleistungsrechnen in Frederick, Maryland, hat vor kurzem ein HPC-Serversystem SGI®Altix™3000 den Produktivbetrieb aufgenommen. Die SGI-Maschine am ABCC (Advanced Biomedical Computing Center) ist mit 64 Intel®Itanium®2-Prozessoren ausgestattet und bietet unter 64-Bit-Linux® einzigartige Performanz und Skalierbarkeit. Dank der Neuinvestition in SGI-Technologie können sich Forscher in ihrem biologisch orientierten Wissenschaftsfeld nun Problemen deutlich höherer Komplexität stellen. Das Altix-System stellt ihnen unter der OpenSource-Betriebsumgebung bahnbrechende Möglichkeiten des Shared-Memory-Computings zur Verfügung. Sei es, um Modell-Vorstellungen der Wechselwirkungsprozesse zu entwickeln, die sich zwischen potenziellen Anti-Krebs-Wirkstoffen und bekannten Tumor-Targets (Angriffspunkten) abspielen, sei es, um Gen-Daten zu analysieren oder andere Aufgaben der Bioinformatik anzugehen. Aufgrund ihrer Systemarchitektur eröffnet die SGI-Plattform für Anwender wie auch für den Betreiber wesentliche Vorteile. Forscher können nun unter Linux sehr effizient auch Modelle rechnen, die viel Speicher verlangen. Shared-Memory-Computing und höchste Skalierbarkeit bedeutet bei SGI Altix 3000, dass in einem Einzelsystem ein bis zu 256 GB großer zusammenhängender, einheitlich adressierbarer Hauptspeicher zur Verfügung steht; dass alle 64 Prozessoren (oder aber auch nur wenige CPUs) auf dieses enorme Memory zuarbeiten können; und dass man alle CPUs in einer einzigen Linux-Partition (d.h. in einer SSI- oder Single-System-Image-Konfiguration) betreiben kann. Damit ergibt sich parallel zur hohen Verarbeitungsleistung ein Höchstmaß an Einsatz-Flexibilität für vielschichtige und dynamisch varierende Job-Profile; Applikationen lassen sich auf leichte Weise portieren - und die HPC-Maschine ist vor allem auch einfach zu administrieren. Mehr Durchsatz, komplexere Fragen, höhere ProduktivitätMit diesen kombinierten technologischen Vorzügen erhalten die Wissenschaftler und das Rechenzentrumspersonal am ABCC die Möglichkeit, anspruchsvollere Modelle zu rechnen, mehr Modelle zu rechnen - und dies alles bei hoher Produktivität und reduziertem Nutzungs- und Verwaltungsaufwand. Zu den wichtigsten Applikationen, die man im ABCC einsetzt, zählen AMBER® und Gaussian® - zwei Softwarepakete aus Bioinformatik und Quantenchemie. Compute-Serving am ABCC - Linux meets IRIX …..Das neue 64-Bit-Linux-Plattform SGI Altix 3000 verstärkt am ABCC eine HPC-Umgebung, in der schon bisher diverse SGI-Systeme arbeiten. Installiert am Rechenzentrum sind ein Compute-Server SGI®Origin®3800 mit 64 Prozessoren sowie 8 Compute-Server SGI®Origin®300 mit je 8 Prozessoren. Beide Origin-Modelle sind mit MIPS-Prozessoren ausgestattet und laufen unter der Unix-Betriebsumgebung SGI®IRIX®. Das 3800er-System basiert auf der renommierten Systemarchitektur SGI®NUMAflex™, welche bandbreitenstarke, bausteinartige Ausbaumöglichkeiten in allen wesentlichen System-Ressourcen bietet und für branchenweit führende SSI-Skalierbarkeit steht. SGI hat die zukunftsweisenden Eigenschaften der NUMAflex-Architektur auf die Altix-Linie übertragen und damit erreicht, dass bahnbrechende Shared-Memory- und Skalierbarkeits-Fähigkeiten heute auch auf einer OpenSource-Plattform mit den Standard-Komponenten 64-Bit-Linux und Intel-Itanium2 verfügbar sind. Das Altix-System ist am ABCC integriert in einen Clusterverbund, der mit der Lastverteilungs- und Ressourcen-Management-Software Portable Batch System (PBS) Pro gefahren wird. Auch die 9 IRIX-basierten SGI-Maschinen sind in diese Clusterumgebung eingebunden.…. im branchenweit schnellsten Dateisystem Die Rechnersysteme, die zum PBS-Verbund gehören, werden am ABCC Zugriff auf eine Massenspeicher-Kapazität von 9 TB Shared-Disk-Storage erhalten. Hardwareseitig wird der Festplattenspeicher durch 2 FibreChannel-RAID-Array-Systeme SGI®TP9400 realisiert, den heute leistungsfähigsten RAID-Storage-Subsystemen ihrer Klasse. In geteilter Form nutzbar wird der Disk-Space durch Implementierung des Clustered-Filesystems SGI®CXFS™, des branchenweit schnellsten Shared-Filesystems. Mit CXFS entfällt die Notwendigkeit, Dateien beim Zugriff auf sie zu duplizieren; zweitens beschleunigt sich das Arbeiten insbesondere mit großen Files, da es ebenso wenig erforderlich ist, die Dateien zeitaufwändig über das Netzwerk zu übertragen.Weitere Infos: