Die DKMS hat immer versucht, die Typisierungen kostengünstig und in hoher Qualität zu garantieren. Sie arbeitet daher mit nationalen und internationalen Laboren zusammen. Die Kosten einer Registrierung betragen heute bei der DKMS 50,- Euro, während sie 1991 noch bei 600,- DM lagen. Die Kosten für die Ersttypisierung bei der Registrierung tragen oft die Spender selbst. Zudem können Paten die Kosten für Spendenwillige übernehmen, die diese nicht selber tragen möchten. Betriebstypisierungen werden von den Unternehmen oder den Mitarbeitern finanziert. Alle weiterführenden Typisierungen zur Vorbereitung einer konkreten Stammzelltransplantation wurden von Anfang an durch die Krankenkassen finanziert, die seit 1995 auch die Mittel für den Dateibetrieb (Personal, EDV) zur Verfügung stellen.