Seit 1996 erhält die FAM eine Förderung vom Bayerischen Staatsministerium für Wissenschaft, Forschung und Kunst. Die Frauenakademie hat als Forschungs- und Bildungseinrichtung über die Jahre viele aktuelle Themen bearbeitet und sich in die gesellschaftspolitische Diskussion eingemischt. Die FAM-Gründerinnen nannten die FAM daher oft eine „Schule der Einmischung“, da Frauen hier lernten, feministische Denkansätze in die gesellschaftspolitische und wissenschaftliche Diskussion einzubringen.