Angefangen hat es mit dem BackHaus im April 1980. Mit Übernahme einer seit 1905 bestehenden Stadtbäckerei in der Nassauischen Straße, in der gebacken und verkauft wurde. Im September 1985 wurde die erste Filiale am Rüdesheimer Platz eröffnet, weitere neun Filialen, viele Marktstände kamen im Laufe der Jahre hinzu. Eine Vielzahl von Biosupermärkten, Feinkostläden, Reformhäusern, Naturkostläden, Schulen, Kindergärten, Hotels, Cafés und Caterern wird mit Brot, Brötchen und Kuchen beliefert.
1992 wurde in Falkensee eine neue und vor allem größere Produktionsstätte gefunden, das Backkombinat Nauen, Betriebsteil Falkensee. Kauf, Planung und Umbau dauerten knapp fünf Jahre. Im Mai 1997, mit dem Umzug nach Falkensee, begann ein neues Zeitalter für das BackHaus. Bessere Arbeitsbedingungen und viel Platz wirkten sich positiv auf die Produkte aus, was eine größere Vielfalt sowie eine ausgereiftere Qualität hervorbrachte.
Seit Oktober 2001 ist das BackHaus Bioland Vertragsbäcker. Mit diesem Schritt ging auch die Umbenennung in BioBackHaus einher, was das Grundkonzept noch einmal klar hervorhob.
Die Potsdamer Filiale in der Friedrich-Ebert-Straße 87 gibt es seit Januar 2004. Im September 2005 wurde die Filiale in der Nassauischen Straße nach Neugestaltung und Erweiterung zu einem Café wiedereröffnet.
Auch ist das BioBackHaus im Bahnhof Friedrichstraße im Vitalia Reformhaus zu finden.
Am 1. Dezember 2007 wurde die Marheineke-Markthalle nach einer grundlegenden Modernisierung wiedereröffnet.
Im Prenzlauer Berg gibt es das BioBackHaus seit September 2008, vis-a-vis vom Kino Colosseum. Im »Szenebezirk« Friedrichshain betreibt das BioBackHaus »Shop-in-Shop« in zwei»viv BioFrischeMärkten« neue Filialen. Eine detaillierte Filialübersicht ist unter http://www.das-biobackhaus.de/ zu finden.